Nace en Bilbao en 1843 en el seno de una familia profundamente cristiana donde le inculcan las virtudes humanas que fueron la base de una vida excepcional. Se casó joven con D. José Vilallonga, industrial catalán afincado en Bilbao, y fue madre de siete hijos, dos de los cuales murieron a temprana edad.
En 1883 padeció en París una grave enfermedad, y obtiene su curación con el agua de Lourdes; ese mismo año muere repentinamente su madre. Quizás estas experiencias son un signo que le indican a rafaela las verdaderas prioridades de la vida.
El despegue industrial de Bilbao y la riada de emigrantes atraídas por la oferta de trabajo facilita la degradación de la vida y la condición humana y moral de muchas de estas gentes. Rafaela Ybarra, con gran sensibilidad cristiana y social se entrega completamente a las principales víctimas de aquella sociedad: las jóvenes y niñas. Recoge de las calles a las más desfavorecidas creando Instituciones de acogida.
Impulsó la creación de la Maternidad de Bilbao, el establecimiento en la capital de las Hnas. de María Inmaculada para atender a las jóvenes del servicio doméstico, y de las RR. Adoratrices; participó en la creación de la Universidad de Deusto, y, entre otras actividades, pertenecía a una Asociación llamada Junta de Obras de celo dedicada a ayudar a muchachas necesitadas de trabajo y orientación en la que participaba activamente. Fue en este apostolado y visitando cárceles y hospitales, donde observó las penas y dificultades que tenían las jóvenes pobres para salvaguardar su dignidad y salir adelante en la dura sociedad industrial bilbaína.
La tarea tomaba unas proporciones que la desbordaban. Buscó ayuda y colaboración en amigas y personas de buena voluntad, pero se hacía necesario dar solidez y continuidad a la empresa comenzada. Además, Rafaela incluyó en su atención a las niñas expuestas al abandono, los riesgos de la pobreza y la calle para prevenir sus funestas consecuencias. Funda así, por consejo de su director espiritual, en 1892 la Congregación de los Ángeles Custodios, la que dirigió hasta su muerte, pero no como religiosa profesa, puesto que continuaba siendo esposa y madre de familia. Su marido falleció en 1898, y le siguió ella a la Casa del Padre dos años más tarde.
Lamentablemente, es muy difícil encontrar información fiable sobre la beata que no sean los clásicos panegíricos huecos. Estos párrafos están extraídos del web la Fundación que lleva su nombre y del web de la Congregación de los Ángeles Custodios