Constan con precisión los datos más importantes de la vida de este mártir japonés, que encabeza la lista de los 188 mártires de la evangelización del Japón beatificados junto con él en Nagasaki, el 24 de noviembre de 2008.
De joven era catequista y, con un grupo de catequistas también japoneses, acompañó en el exilio a los jesuitas hacia Macao, cuando estos fueron desterrados (1614). Debido a las circunstancias del momento, y a la opinión de algunos misioneros, no se permitía ordenar sacerdotes a jóvenes japoneses. Los catequistas se fueron dispersando: algunos volvieron al Japón para continuar como catequistas; cinco de ellos ya han sido beatificados como mártires de Nagasaki; otros marcharon a Manila para ingresar en los dominicos o en los agustinos.
Pedro, que en 1606 había hecho el voto privado de ingresar en la Compañía, por amor a su vocación y junto con otros compañeros, todos aconsejados por algunos superiores, emprendió el viaje a Roma, en medio de grandes dificultades, siguiendo la ruta de la seda, por Persia, Goa, Jerusalén. En Roma estudió teología, se ordenó sacerdote y entró en la Compañía como novicio. Continuó el noviciado en Portugal, donde hizo la profesión religiosa. Reemprendió el viaje, con otros veintitrés misioneros, hacia el Japón, viaje que duró seis años, en medio de dificultades, enfermedades, naufragios, para entrar en su patria el año 1630. Misionó en la clandestinidad primero en Nagasaki, hasta 1633, y luego pasó a las regiones del norte, Oshu y Dewa.
En 1638 fue apresado, con algunos de sus catequistas, en el reino de Sendai y luego llevado a Edo (Tokio) donde fue interrogado por el gran perseguidor, el shôgun Tokugawa Yemitsu, quien cerraría las puertas del Japón al resto del mundo. Un apóstata, el padre Ferreira, intentó hacerles apostatar, pero Pedro animó a todos a la perseverancia en la fe. Después de diversos tormentos, fue martirizado en la «horca y fosa» y quemado a fuego lento, en Edo, en julio de 1639, juntamente con dos de sus catequistas, a quienes el padre Pedro exhortó a perseverar en la fe, hasta que a él, para reducirlo al silencio, le acabaron de matar; tenía cincuenta y dos años.
Fragmento de la presentación realizada por monseñor Juan Esquerda Bifet, OR, edición en lengua española, 28 de noviembre de 2008, p. 10.