San Elfego ingresó muy joven en el monasterio de Deerhurst, en Gloucestershire. Más tarde se retiró a la soledad, cerca de Bath y llegó a ser abad del monasterio de Bath, fundado por segunda vez por san Dunstano. Elfego no toleraba la menor relajación de la regla, pues sabía cuán fácilmente las concesiones acaban con la observancia en los conventos. Solía decir que era mejor permanecer en el mundo que ser un monje imperfecto.
A la muerte de san Etelwoldo, el año 984, san Dunstano obligó a Elfego a aceptar el obispado de Winchester, a pesar de que no tenía más que treinta años de edad y se resistía a ello. En esa alta dignidad las excepcionales cualidades de san Elfego encontraron ancho campo de actividad. Su liberalidad con los pobres era tan grande que, durante su episcopado, no había un solo mendigo en Winchester. Como seguía practicando las mismas austeridades que en el convento, los prolongados ayunos le hicieron adelgazar tanto, que algunos testigos declararon que se podía ver a través de sus manos cuando las levantaba en la misa. Después de haber gobernado sabiamente su diócesis durante veintidós años, fue trasladado a Canterbury, donde sucedió al arzobispo AeIfrico. Fue a Roma a recibir el palio de manos del papa Juan XVIII.
En aquella época, los daneses hacían frecuentes incursiones en Inglaterra. En 1011, unidos al conde Edrico, que se había rebelado, marcharon contra Kent y pusieron sitio a Canterbury. Los principales de la ciudad rogaron al arzobispo que huyese, pero san Elfego se negó a hacerlo. La ciudad cayó, por traición, y los daneses degollaron a gran cantidad de hombres y mujeres de todas las edades. San Elfego se dirigió al lugar de la ciudad en que se estaban cometiendo los peores crímenes y, abriéndose camino entre la multitud, gritó a los daneses: «No matéis a esas víctimas inocentes. Volved vuestra espada contra mí». Inmediatamente fue atacado, maltratado y encarcelado en un oscuro calabozo. Algunos meses más tarde, fue puesto en libertad, a raíz de una misteriosa epidemia que se había propagado entre los daneses; pero, a pesar de que san Elfego había curado a muchas víctimas con su bendición y con el pan bendito, los bárbaros exigieron todavía tres mil coronas de oro por su persona. El arzobispo declaró que la región era demasiado pobre para pagar esa suma. Así pues, los daneses le llevaron a Greenwich y le condenaron a muerte, por más que un noble danés, Thorkell el Alto, trató de salvarle. La Crónica Anglosajona narra en verso su trágico fin:
«Hicieron prisionero a aquél que había sido
cabeza de Inglaterra y de la Cristiandad.
En la infeliz ciudad, antaño tan sonriente,
de la que recibimos esa herencia cristiana
que nos hizo felices ante Dios y los hombres,
todo era miseria ...»
El cuerpo de san Elfego fue recuperado y sepultado en San Pablo de Londres. En 1023, el rey Canuto de Dinamarca le trasladó solemnemente a Canterbury. Uno de los sucesores de san Elfego, Lanfranco, dijo a san Anselmo que su antecesor no había muerto por la fe, pero el santo le respondió que morir por la justicia era lo mismo que morir por Dios. Los ingleses siempre han considerado como mártir a san Elfego. Su nombre se halla en el Martirologio Romano y las diócesis de Westminster, Clifton, Portsmouth y Southwark, celebran todavía su fiesta.
La mejor edición de la biografía de san Elfego escrita por Osbern, monje de Christchurch de Canterbury, es la de Anglia Sacra de Wharton (vol. II, pp. 122-142). Como lo hizo notar Freeman en Norman Conquest, vol. I, pp. 658-660, la obra de Osbern, escrita hacia el año 1087, no constituye una fuente fidedigna; más de fiar son los datos que nos dan la Crónica Anglosajona, Thietmar y Adán de Bremen. Ver también Stanton, Menology, pp. 164-166; las citas de los calendarios ingleses que se encuentran en dicha obra demuestran que en toda Inglaterra se veneraba a san Elfego. Aunque algún sitio lo da como oficialmente canonizado por Gregorio VII en 1078, no hay rastros de esa canonización en las listas que se conservan de las canonizaciones anteriores a la Congregación de Ritos.