Eugenio fue un romano que había sido educado en el servicio de la Iglesia y que, al parecer, se distinguió por su bondad, su generosidad y su gentileza. Más o menos un año después de que el papa san Martín I había sido llevado fuera de Roma, pero cuando aún estaba con vida, se nombró a Eugenio para que ocupase su lugar y san Martín aprobó el nombramiento antes de morir. Se dice que Eugenio era candidato del emperador Constancio II, adicto al monotelismo; pero de ser cierta tal afirmación, el emperador debe haber quedado muy desilusionado por la actitud de su protegido. A raíz de su elección, el papa Eugenio envió delegados a Constantinopla, pero Constancio los hizo regresar a Roma con la exigencia de que el Papa manifestara públicamente estar de acuerdo con Pedro, el patriarca de Bizancio.
Los delegados eran portadores de una carta del jerarca bizantino, llena de ambiguos propósitos teológicos. Dicha epístola fue públicamente discutida en la iglesia de Santa María la Mayor y causó tal indignación a los clérigos y laicos presentes, que impidieron al papa Eugenio celebrar la misa, a menos que se comprometiera a responder con una rotunda negativa a las pretensiones del emperador. Tal vez se mostraron exigentes hasta este extremo, como una compensación por la ligereza con que habían aceptado a Eugenio, si éste era, efectivamente, el candidato de Constancio. De todas maneras, es muy posible que Eugenio hubiese corrido con la misma suerte que su antecesor, de no haber sido porque el emperador estaba muy ocupado en la guerra contra los árabes. Probablemente fue este papa quien recibió a san Wilfrido cuando el futuro santo, aún muy joven, partió de Inglaterra para hacer su primera visita a Roma.
Ver el Acta Sanctorum, junio, vol. I; Duchesne, Liber Pontificalis, vol. I, p. 341.