Fructuoso era hijo de un general visigodo español. Desde muy niño determinó consagrarse a Dios y la temprana muerte de sus padres le permitió seguir libremente su vocación. Entró a hacer sus estudios en la escuela que había fundado el obispo de Palencia, Conancio. El joven distribuyó una parte de su cuantiosa herencia entre sus esclavos, a quienes había devuelto la libertad, y entre los pobres; el resto lo consagró a la fundación de monasterios, el primero de los cuales lo construyó en sus posesiones de las montañas de Vierzo. El mismo Fructuoso dirigió ese monasterio, que se llamó Complutum, hasta dejarlo perfectamente encarrilado. Después renunció al cargo de abad y se retiró a la soledad, donde llevó una vida tan austera, que recordaba la de los ermitaños de la antigüedad. Pero, a pesar de sus esfuerzos por abandonar el mundo, no consiguió permanecer oculto. En una ocasión, un cazador estuvo a punto de disparar su arco contra él, tomándole por un animal salvaje, hasta que vio que tenía las manos levantadas en oración. En otra ocasión en que el santo se había refugiado más adentro del bosque, según cuenta la leyenda, su retiro fue descubierto gracias al grito gozoso de los pájaros, que habían encontrado en los alrededores a una de las aves que anidaban en los jardines del monasterio.
No es seguro que estas leyendas tengan algo de verdad; pero, en todo caso, sirven para hacer comprender que san Fructuoso tenía discípulos donde quiera que iba. Para ellos construyó el santo varios conventos; también construyó un convento de religiosas, que se llamó Nona, porque distaba nueve leguas del mar. Entre los discípulos de san Fructuoso que abrazaron la vida religiosa, se contaban familias enteras, padres e hijos. Esto creaba probablemente serias dificultades al santo, ya que no todos los aspirantes tenían verdadera vocación, sino que algunos pretendían simplemente huír del servicio militar o de las exacciones de algún tiranuelo. Pero lo cierto es que los monasterios familiares empezaron a popularizarse tanto, que el gobernador de una provincia pidió al rey que obligase a los ciudadanos a solicitar su permiso antes de entrar en la vida religiosa. San Fructuoso redactó dos reglas: una muy estricta para Complutum, fundada en la de san Benito, aunque exigía la obediencia ciega, y otra para los monasterios familiares. En esta última, determinaba que el pabellón de los hombres y los niños estuviese totalmente separado del de las mujeres y las niñas; cuando los niños de ambos sexos llegaban al uso de razón, tenían que ser instruidos en las reglas; después se los enviaba a otra casa de la orden como oblatos, «oblati a parentibus».
Viendo que no podía vivir en la soledad si permanecía en su país, san Fructuoso determinó ir a Egipto; pero, cuando se disponía a partir, el rey se lo prohibió. El monarca, que le tenía en gran estima, le llamó a la corte y mandó que le vigilasen constantemente para que no pudiese escapar. Poco después, san Fructuoso fue elegido obispo de Dumium. El año 656 fue nombrado arzobispo de Braga y asistió al Concilio de Toledo. Al principio encontró violenta oposición en su arquidiócesis, pero su paciencia y mansedumbre triunfaron, poco a poco, de sus enemigos. Cuando comprendió que había llegado su última hora, pidió que le transportasen a una iglesia, donde murió sobre una cruz de ceniza.
Existe una corta biografía de san Fructuoso, que se atribuye a su contemporáneo, el abad Valerio de Alcalá. Puede leerse en Acta Sanctorum, abril, vol. II, en Mabillon y otros autores. Ver también Gams, Kirchengeschichte Spanierts, vol. II, pte.2, pp. 152-158, y A. C. Amaral, Vida e reglas religiosas de s. Fructuoso (1805).