A los 14 años manifestó sus grandes deseos de ingresar al Seminario de Chilapa, sin embargo sus padres, Germán Flores y Merced García, se opusieron porque carecían de recursos para sostenerlo. Otras personas conocieron sus deseos y lo alentaron a seguir adelante, y así ingresó al Seminario en 1915, a la edad de 15 años. En los años de estudio, para ayudarse económicamente durante su estancia en el Seminario, ejerció su oficio de peluquero, cobrando una mínima cantidad. Por obediencia tenía a su cargo el alumbrado de quinqués de petróleo, hasta que en 1919 fue instalada la red del servicio eléctrico. Pese a las carencias, logró sacar adelante sus estudios y recibió el orden sacerdotal en la Capilla del Seminario de Chilapa el 5 de abril de 1924, por imposición de manos del Excmo. Sn. D. José Guadalupe Ortiz. Celebró su primera Misa solemne en su ciudad natal, Taxco de Alarcón, Guerrero, en la parroquia de Santa Prisca y San Sebastián, el 20 de abril de 1924.
Al tiempo, entre otras encomiendas, fue nombrado vicario de la parroquia de Chilpancingo, Guerrero, en donde la víspera de los viernes primero de cada mes redoblaba sus actividades con el fin de atraer a la confesión a sus feligreses, hasta que en 1926 surgió el conflicto religioso y fue removido de Chilpancingo a Tecalpulco. En ese lugar, hizo una visita al Sr. Cura de Cacalotenango, Pbro. Pedro Bustos; ambos fueron ahí sorprendidos por tropas federales, lo que los obligó a refugiarse en las montañas por espacio de varios días; una vez a salvo se separaron y cada quien regresó con su familia, pero no tuvo suerte en su camino de hallar refugio, por lo que pasó la noche sin cobijo y alimento.
Después de permanecer un tiempo con su familia, bajo la amenaza de la persecución existente, hizo un viaje a la Ciudad de México. Poco tiempo tenían en la posada cuando se presentó un soldado federal, inquiriendo si entre ellos había un cura. Él manifestó ser doctor. Ya en la Capital, se volcó a colaborar en la solución del conflicto religioso y estuvo, también, asistiendo a la Academia de San Carlos, con el fin de perfeccionar sus conocimientos. En junio fue aprehendido y llevado a la Inspección de Policía, junto con otros que integraban la Liga de Defensa Nacional Religiosa, a los que pudo prestar el servicio de confesión. Por intervención de la familia Calvillo ante el General Roberto Cruz, se logró la libertad del Padre Margarito; sin embargo el padre Margarito Flores presentía la inminencia de su martirio, redoblaba su fervor en el ofrecimiento de su sacrificio y dedicación a su ministerio.
Fue entonces enviado a Atenango del Río. A su arribo a ese lugar fue aprehendido por las tropas federales, en la madrugada despojaron al Padre, sin consideración alguna, de todas las cosas que llevaba, dejándolo en ropa interior, descalzo y atado en medio de la caballería, caminando de pie. El tormento aumentó cuando salió el sol agobiante; y cuando suplicó que le dieran un poco de agua, lo único que recibió fue empellones y golpes. El 12 de noviembre de 1927 fue ordenada su ejecución y se le permitió elegir el lugar preciso para morir. Con toda serenidad caminó hacia la esquina posterior del templo, solicitando le permitiera unos instantes para elevar sus última plegarias al Todopoderoso. Le fueron concedidos, y después acercándose a él uno de los soldados, le dijo que si lo perdonaba, a lo que el Padre contestó profundamente conmovido que no sólo lo perdonaba, sino que también lo bendecía. Las órdenes fueron cumplidas.
Durante tres horas el cadáver permaneció en ese sitio. La tropa iba de salida, y por orden del Capitán, dos soldados tomaron el cuerpo por los pies, y a rastras, lo condujeron al panteón, donde de antemano otros soldados ya habían cavado la fosa. Sin respeto alguno fue arrojado el cuerpo, y luego la sotana, que anteriormente le habían quitado. Cubrieron la fosa y se retiraron. Tiempo después dos buenas personas, colocaron los restos en una caja y los trasladaron al interior del templo. Al exhumar los restos, y pese a los meses que habían transcurrido desde su muerte y encontrándose en una fosa común, su sangre manaba con frescura. En 1945, 18 años después de su martirio, los restos fueron trasladados a la ciudad de Taxco, y por disposición de sus familiares, quedaron depositados en un lugar especial de la capilla de Nuestro Señor de Ojeda, en el barrio natal del mártir.