Nació el 11 de enero de 1819, en Füssen, Baviera (Alemania). Después de haber completado sus estudios de filosofía, fue admitido en el seminario, en septiembre de 1842, abrazando el carisma de la Congregación del Santísimo Redentor. Fue ordenado sacerdote el 22 de diciembre de 1844 en Baltimore, y se dedicó al apostolado de los inmigrantes alemanes en los Estados Unidos. Unos meses más tarde fue transferido a Pittsburgh, Pensilvania, donde trabajaba como pastor asistente de san Juan Neumann, superior de la comunidad redentorista.
Participó de las «Misiones Parroquiales» en varios lugares, siempre distinguiéndose como un gran predicador, buen confesor y celoso pastor de los pobres y marginados. La esencia de su ministerio era enseñar el catecismo para el crecimiento de la comunidad parroquial. También se ocupó de la formación de otros Redentoristas, habiendo sido prefecto de estudios en el seminario e infundiendo en los estudiantes entusiasmo, espíritu de sacrificio y celo apostólico.
En 1860, el Obispo de Pittsburgh propone al papa Pío IX el nombre de Francisco Javier Seelos como su sucesor, pero éste escribió al Papa, pidiendo que se nombre a otro sacerdote. De 1863 a 1866 trabajó como misionero itinerante en varios estados, y cuando fue designado a la comunidad de Nueva Orleáns, permaneció allí poco tiempo porque en la atención pastoral a enfermos contrajo la fiebre amarilla, que soportó con paciencia y resignación; lo que le obligó a limitar casi toda la actividad pastoral. Murió el 4 de octubre 1867, y fue beatificado por SS Juan Pablo II el 9 de abril del 2000.
De él decía el Papa en la homilía de la misa de beatificación: «Devuélveme la alegría de la salvación; afiánzame con espíritu generoso. Enseñaré a los malvados tus caminos; los pecadores volverán a ti (Sal 50, 14-15). El padre Francisco Javier Seelos, fiel al espíritu y al carisma de la congregación del Santísimo Redentor a la que pertenecía, meditaba a menudo estas palabras del salmista. Sostenido por la gracia de Dios y por una intensa vida de oración, el padre Seelos dejó su nativa Baviera y se entregó con generosidad y alegría al apostolado misionero entre las comunidades de emigrantes en Estados Unidos. En los diversos lugares en los que trabajó, el padre Francisco Javier mostró entusiasmo, espíritu de sacrificio y celo apostólico. A los marginados y a los perdidos les predicó el mensaje de Jesucristo, fuente de salvación eterna (Hb 5, 9), y en las horas que pasó en el confesonario convenció a muchos a volver a Dios. Hoy, el beato Francisco Javier Seelos invita a los miembros de la Iglesia a profundizar su unión con Cristo en los sacramentos de la penitencia y de la Eucaristía. Que, por su intercesión, todos los que trabajan en la viña para la salvación del pueblo de Dios se vean impulsados y fortalecidos en su tarea.»
Biografía traducida para ETF de la versión en portugués del sitio del Vaticano, la homilía puede leerse completa, en español, allí mismo.