Nació el 20 de julio de 1866 en Korzeniówka, en la región de Podlasie. Frecuentó el instituto de estudios clásicos de Siedlce. En 1883 entró en el seminario mayor de Lublin. Para completar los estudios, al cuarto año fue enviado a la Academia de teología de San Petersburgo, donde obtuvo la licenciatura en teología. Recibió la ordenación sacerdotal el 5 de julio de 1891 en la catedral de Lublin, de manos de monseñor Franciszek Jaczewski.
Después de la ordenación, fue nombrado vicario parroquial en la parroquia de la Conversión de San Pablo. En 1892 fue designado capellán del hospital de San Vicente y profesor del seminario mayor, donde durante catorce años enseñó, entre otras disciplinas, Sagrada Escritura, teología moral y derecho canónico. En su trabajo pastoral se encontró muchas veces con la miseria moral y material, el desempleo, la ignorancia y el subdesarrollo; estas eran las condiciones en que vivía gran parte de la sociedad de entonces. Para paliar estas situaciones, fundó diversas instituciones de beneficencia: una casa de trabajo retribuido, una escuela profesional, el hospicio de San Antonio para mujeres de la calle, orfanatos, residencias de ancianos, etc.
El padre Klopotowski, que estaba atento a la voz de Dios y la reconocía ante todo en la oración y en las circunstancias concretas de la vida, no se contentó con satisfacer las necesidades básicas de los más pobres, sino que también quiso llevarles ayuda espiritual, preocupándose a la vez por su situación cultural. Su vida se polarizaba en torno a la Eucaristía. El rosario era para él un importante elemento de la piedad mariana. En particular, cuando Polonia se liberó de Rusia, promovió incansablemente la educación cristiana de niños y jóvenes, defendiendo con empeño la figura de la madre en el hogar y su papel insustituible en la educación de los hijos y en la transmisión de las primeras nociones de la fe.
Ya durante los primeros años de su sacerdocio publicó libros de oración y de contenido religioso. En 1905 empezó a publicar el diario «Polaco-Católico», el semanario «La Semilla» y la revista mensual «El Buen Domingo». Su celo por la difusión del rosario lo impulsó a publicar la revista mensual «Círculo del Rosario»; fruto de su amor a la niñez es la publicación «El Ángel Custodio». En uno de sus escritos decía: "Todo niño abrazado contra el corazón, toda existencia humana salvada de la muerte, todo centésimo sumado a una obra buena, son un gran mérito ante la patria".
Con el fin de garantizar la continuidad de la acción apostólica mediante la palabra impresa, el 31 de julio de 1920 fundó la congregación de las Religiosas de la Bienaventurada Virgen María de Loreto. Sabía que la vocación del sacerdote consiste en guiar a las personas a la salvación. Para lograrlo a través de los medios de comunicación más modernos de su tiempo, se inspiraba en las exhortaciones de los Sumos Pontífices León XIII y Pío X a oponer a la prensa negativa la fuerza de la buena. Por lo demás, consideraba la palabra impresa como la prolongación del ambón y un medio muy idóneo para difundir el reino de Dios en la tierra. Murió el 7 de septiembre de 1931, y fue enterrado en el cementerio de Powazki. Fue beatificado el 19 de junio de 2005.