Juan de Santa Marta nació cerca de Tarragona, España. A los 8 años era monaguillo cantor de la catedral de Zaragoza: se dedicó al estudio del latín y se destacó por su amor a la música. Después formó parte de la Schola Cantorum de la catedral de Zamora. Luego ingresó en la Orden Franciscana.
Se mostró fiel a la gracia de la vocación, tendió a la perfección y llegó a ser modelo de las virtudes religiosas. Ordenado sacerdote, Dios le inspiró consagrarse al apostolado entre los pueblos infieles. Partió para Filipinas con Fray Sebastián de San José y otros 30 misioneros Franciscanos, muchos de los cuales darían luego la vida por Cristo.
De las Filipinas Juan pasó al Japón, donde abrió una escuela de música que reunió más de 400 alumnos, a los cuales enseñaba canto, órgano y otros instrumentos. En el Japón ejerció durante 10 años un intenso apostolado, evangelizando varias provincias. Fue puesto a la cabeza de la misión de Fuscimi, en donde se mostró un auténtico apóstol de Cristo, infatigable en la obra evangelizadora. Amante de la seráfica pobreza, llevaba una túnica remendada, caminaba descalzo sin sandalias inclusive en la estación más cruda. Su virtud le mereció la veneración de los cristianos y de los mismos paganos.
Al tiempo de la promulgación del edicto de persecución, en 1614, Fray Juan de Santa Marta fue desterrado, pero poco después reingresó en el Japón y disfrazado de japonés recorrió las provincias de Arima y de Omura, donde la persecución era más violenta. El santo misionero visitaba a los cristianos en sus casas, fortalecía a los vacilantes, reconducía a los apóstatas a la iglesia, administraba los sacramentos, cada día celebraba la Santa Misa, ya en un lugar, ya en otro. Por la noche se retiraba a algún monte, donde reposaba.
Fue arrestado y puesto en prisión, donde permaneció por tres años con indecibles sufrimientos. El confesor de Cristo vio llegar el día del último combate. Mientras lo conducían al suplicio todavía habló del Evangelio, luego entonó el «Te Deum». Al llegar al lugar del martirio oró por sus perseguidores, elevó luego los ojos al cielo y ofreció la cabeza al hacha del verdugo. Era el 16 de agosto de 1618 y tenía 40 años. Algunas partes de su cuerpo fueron recogidas por cristianos y rodeadas de veneración, realizaron prodigios. Fue beatificado por Pío IX el 7 de julio de 1867.