Benito nació en un pueblecito de los alrededores de Messina de Sicilia. Sus padres, que eran buenos cristianos, habían nacido en África y eran esclavos de un rico propietario. Habían adoptado el apellido de su amo (Manasseri), según la costumbre de la época. El amo de Cristóbal, como se llamaba el padre del santo, le nombró mayordomo de su casa y le había prometido la libertad de Benito, su hijo mayor. Benito era tan amable y piadoso, que a los diez años ya le llamaban las gentes «il moro santo» (el negro santo) apodo que conservó toda su vida. Cuando tenía alrededor de veintiún años, uno de sus vecinos le insultó groseramente, aludiendo al color de su piel y a la esclavitud de sus padres. Precisamente en ese momento, pasaba por ahí un joven llamado Lanzi, que se había retirado a una ermita con algunos compañeros para imitar a san Francisco de Asís. Impresionado por la mansedumbre de las respuestas de Benito, dijo a los presentes: «Ahora os burláis de este pobre negro; pero yo os digo que dentro de poco oiréis grandes cosas de él». Poco después, Benito vendió sus escasas posesiones y fue a reunirse con los ermitaños.
En los años siguientes, los ermitaños cambiaron varias veces de residencia; al fin se establecieron en Montepellegrino, cerca de Palermo, donde antes había habitado santa Rosalía. A la muerte de Lanzi, la comunidad eligió superior a Benito, a pesar de la resistencia que éste opuso. Cuando Benito tenía más o menos treinta y ocho años, Pío IV ordenó a los ermitaños que se dispersasen o se fundiesen con alguna de las órdenes religiosas ya existentes. Benito entró como hermano lego en el convento franciscano de Santa María, cerca de Palermo. Primero desempeñó el cargo de cocinero, que cuadraba bien con su gusto por la vida retirada y le ofrecía numerosas ocasiones de mostrarse servicial. Pero su extraordinaria santidad no podía pasar inadvertida; su rostro se iluminaba en la capilla con un fulgor sobrenatural y la comida parecía multiplicarse en sus manos.
En 1578, en el capítulo de Palermo, los Frailes Menores de la Observancia decidieron transformar el convento de Santa María en monasterio reformado. Hacía falta confiar esa misión a un superior excepcionalmente prudente. La elección del capítulo recayó sobre Benito, aunque era simple hermano lego y no sabía leer ni escribir. Benito trató de renunciar, pero sus superiores le impusieron el cargo por obediencia. Los hechos dieron razón a los electores. Benito fue un superior ideal, muy equilibrado y de un tacto tan grande, que sus amonestaciones no herían a nadie y producían siempre el efecto apetecido. Pronto se divulgó por Sicilia la fama de su santidad y milagros; cuando Benito fue al capítulo provincial de Agrigento, el clero y el pueblo salieron a recibirle y las mujeres y los niños se disputaban el honor de besarle la mano y de arrancarle los hilos del hábito para guardarlos como reliquias.
Cuando dejó de ser superior, Benito fue nombrado vicario del convento y maestro de novicios. También en este último cargo se distinguió mucho. Parecía poseer una ciencia infusa para explicar la Sagrada Escritura, en forma que edificaba por igual a los sacerdotes y a los novicios y, sus profundas intuiciones sobre las verdades teológicas admiraron más de una vez a los sabios. Su don de leer el pensamiento y su extraordinaria bondad hicieron de él un excelente maestro de novicios. Sin embargo, el santo se alegró cuando sus superiores le relevaron del cargo y le mandaron de nuevo a la cocina, aunque naturalmente ya no podía pasar ahí tan inadvertido como en los primeros años. Los visitantes de todas las clases sociales acudían continuamente: los pobres en busca de limosna, los enfermos en busca de curación y las personas distinguidas en busca de consejo. San Benito no se negaba a nadie, pero detestaba las muestras de respeto. Cuando tenía que salir del convento, procuraba hacerlo por la noche y se cubría el rostro con la capucha para que no le reconocieran. Toda su vida siguió practicando las austeridades de los ermitaños. Sin embargo, por lo que se refiere al ayuno, acostumbraba decir que la mejor forma de mortificación no consistía en privarse de la comida, sino en dejar de comer antes de haber satisfecho del todo el hambre; decía también que era bueno probar la comida que se recibía como limosna para demostrar el agradecimiento a los bienhechores y darles gusto.
San Benito murió en 1589, a los sesenta y tres años de edad, después de una breve enfermedad. Es el patrono de los negros de los Estados Unidos y el protector de la ciudad de Palermo. Fue canonizado en 1807.
Ver a Juan de Capistrano, Vita di San Benedetto di San Fradello (1808), y la biografía escrita por eI P. B. Nicolosi (1907); igualmente Léon, Auréole Séraphique, vol. II.