El 15 de agosto del 608 fue consagrado obispo de Roma un monje benedictino originario de los Abruzos. Con motivo de su elevación al solio pontificio recibió un presente importante: el emperador Focas le regaló el Panteón. Este templo de planta circular coronado por una impresionante cúpula había sido construido en el año 27 antes de Jesucristo por Agripa en honor de todos los dioses. Bonifacio decidió al punto convertirlo en iglesia y, en el año 609, consagró el edificio a «Santa María de los Mártires», en memoria de todos los que habían derramado su sangre por dar testimonio del único Dios. Se instituyó entonces la fiesta de Todos los Santos, que se comenzó a celebrar los días 13 de mayo en recuerdo de la consagración de esta basílica (aunque un par de siglos más tarde se trasladó a su fecha actual, el 1 de noviembre).
Un año después, en el 610, recibía en Roma al obispo de Londres, Mellitus, llegado para asistir a un sínodo en el que se iba a debatir la cuestión de la Iglesia en Inglaterra y la vida monástica. Tras la muerte de san Gregorio Magno, la corte imperial había recuperado toda su influencia sobre el papado, hasta el punto de que éste había ido cayendo progresivamente en lo que luego se llamaría la «cautividad de Bizancio». Y durante largo tiempo sería juguete de la política imperial.
En aquellos momentos pesaba sobre Heraclio (610-641) la amenaza simultánea de ávaros, eslavos y persas. Necesitaba más que nunca un imperio unido y su preocupación principal consistía en que las numerosas comunidades monofísitas de Siria y Egipto no le traicionaran. Se entiende, pues, que en esa coyuntura presionara al papa para que mostrara a los monofisitas la mayor comprensión posible. Y Bonifacio se comportó con tal benevolencia y espíritu conciliador que fue acusado de herejía por san Columbano. Es evidente que este prelado estuvo mal informado, puesto que el papa no se comprometió hasta ese extremo.
Los romanos, en todo caso, no fueron tan meticulosos: cuando falleció Bonifacio el 8 de mayo del 615 no dudaron en declararlo santo. fue sepultado en el pórtico de la basílica de San Pedro, pero sus restos fueron trasladados más tarde al interior.
He agregado al artículo de Mathieu-Rosay algunas precisiones provenientes del Butler, quien además señala que no parece completamente seguro que haya sido benedictino.