Hay cierta confusión en las primeras listas episcopales de Toledo. Se afirma que hubo un primer obispo Eugenio, que era astrónomo y matemático, aunque su existencia no es del todo segura. En cambio sí lo es la de su sucesor, también Eugenio, músico y poeta, de origen godo, que es el santo que veneramos hoy, y pasó a la historia como Eugenio II.
Siendo monje de Zaragoza, se escondió en un cementerio para evitar que le eligiesen obispo; pero fue descubierto y obligado a aceptar la consagración. Se conservan algunos escritos del santo, tanto en prosa como en verso. Se dice que era también buen músico y que trató de elevar el nivel del canto sacro que había degenerado mucho. San Eugenio gobernó su sede con gran edificación. Su sucesor fue san Ildefonso, sobrino suyo.
Son indudables la existencia histórica y las actividades literarias del Eugenio que murió el año 657. San Ildefonso habla brevemente de él en De viris illustribus, cap. XIV (Migne, PL., vol. XCVI, c. 204). Sus obras poéticas fueron publicadas y anotadas en Monumenta Germaniae Historica, Auctores Antiquissimi, vol. XIV. Véase sobre este punto Analecta Bollandiana, vol. XXIV (1905), pp. 297-298. Cf. J. Madoz, en Revue d'histoire ecclésiastique, vol. XXXV (1939), pp. 530-533. La Patrología de Di Berardino, BAC, 2000, tomo IV, pág 118ss. dedica una larga (para el estilo de la obra) introducción a la poesía del autor, a la que alaba por su originalidad, además de aportar bibliografía actualizada.