San Flaviano, sacerdote y tesorero de la Iglesia de Constantinopla, sucedió en el patriarcado a san Proclo, el año 447. El cortesano Crisafio, que gozaba de gran favor ante el emperador Teodosio II, le sugirió a éste que pidiera a Flaviano un presente como muestra de gratitud por su elevación a la dignidad de patriarca. El obispo envió al emperador unos panes benditos, según la costumbre de aquel tiempo, pues el pan era un símbolo de bendición y comunión. Crisafio hizo saber al santo que el emperador esperaba un regalo muy diferente y mucho más rico; pero el obispo respondió resueltamente que las rentas de la Iglesia estaban destinadas a otros usos. A partir de ese instante, el favorito del emperador decidió acabar con Flaviano. En efecto, valiéndose de la emperatriz Eudocia, persuadió al emperador para que obligase al patriarca a nombrar a santa Pulqueria, hermana del mismo Teodosio II, diaconisa de su Iglesia, con lo cual la corte se vería libre de la influencia de la santa. Flaviano se negó a ello, cosa que Crisafio consideró como una nueva ofensa. Por otra parte, la condenación que Flaviano hizo de los errores de Eutiques, abad de un monasterio próximo a la ciudad, acabó de enfurecer a Crisafio. Eutiques, movido de un celo excesivo por convencer a Nestorio de que había en Cristo una sola persona, cayó en el error de negar que tuviera dos naturalezas. Esto le constituyó en jefe de la herejía monofisita. En un sínodo reunido por san Flaviano en 448, Eusebio de Dorileo desenmascaró el error de Eutiques; el sínodo condenó como herética la opinión de Eutiques y le mandó comparecer para justificarse. El alegato de Eutiques no convenció al sínodo, que le depuso y le excomulgó. Eutiques apeló entonces a los obispos de Roma, Egipto y Jerusalén, y escribió una carta al Papa san León I, quejándose de la forma en que el sínodo le había tratado y había entendido su doctrina. Pero el Papa no se dejó engañar, en una carta cuidadosamente redactada que envió a Flaviano y que se hizo famosa en la Historia de la Iglesia con el nombre de «Tomo» o «Carta Dogmática», san León definió la fe ortodoxa sobre los principales puntos de la discusión [cfr. Dz 143-144].
Un nuevo concilio confirmó las decisiones del sínodo anterior. Crisafio, humillado pero no vencido, trató de conseguir sus fines por otros medios. Así pues escribió a Dióscoro, sucesor de san Cirilo en la sede de Alejandría, prometiéndole su amistad y apoyo a condición de que se constituyera en defensor de Eutiques contra Flaviano y Eusebio. Dióscoro aceptó la proposición y ambos se valieron de la emperatriz Eudocia, la cual pensaba que, haciendo daño a Flaviano, molestaría a su cuñada Pulquería, a la que detestaba; Eudocia logró persuadir a Teodosio de que convocara a un concilio en Éfeso. El emperador invitó a Dióscoro de Alejandría a presidir el concilio; con él acudieron algunos obispos africanos y un grupo de laicos. A lo que parece, se trataba simplemente de una banda organizada de malhechores. Al concilio fueron también otros obispos de oriente, y san León envió delegados.
La asamblea, conocida generalmente con el nombre de Latrocinium o «conciliábulo de bandidos», como la llamó más tarde san León a causa de las violencias a que dio lugar, se abrió en Éfeso, el 8 de agosto de 449. Eutiques estuvo presente, así como dos oficiales del emperador, acompañados por un fuerte contingente de soldados. Las deliberaciones, en las que predominaban los partidarios de Eutiques, se desarrollaron en un ambiente de violencias, se impidió a los legados papales que leyesen las Cartas de san León al concilio y se terminó, en medio del mayor desorden, con la sentencia de deposición de Flaviano y Eusebio, a pesar de las protestas de los legados del Papa. Cuando Dióscoro empezó a leer la sentencia, varios obispos pidieron a gritos que se callase. Dióscoro interrumpió la lectura y dio voces para llamar a los enviados del emperador, Elpidio y Eulogio. Estos mandaron al punto que se abrieran las puertas de la iglesia y Proclo, el procónsul de Asia, entró escoltado por soldados y seguido por una multitud armada con palos. Esta incursión intimidó tanto a la asamblea, que prácticamente ningún obispo tuvo el valor de negarse a firmar la sentencia, excepto los legados papales que se retiraron decepcionados.
San Flaviano hizo una apelación al Papa san León y a otros obispos del occidente, y entregó sus cartas a los legados papales. Pero cuando se disponía a abandonar la sala en medio del tumulto que siguió a la asamblea, la turba le derribó y, según cuentan Dióscoro y el abad Barsumas, fue tan salvajemente golpeado a puntapiés por los soldados y malhechores, que murió poco después, no en Éfeso (como suponen algunos autores) sino en Sardis de Lidia, a donde había sido desterrado.
El triunfo de Crisafio fue de corta duración. El emperador murió al año siguiente y Marciano mandó ejecutar a Crisafio. Santa Pulquería, la esposa de Marciano, mandó llevar a Constantinopla el cuerpo de san Flaviano para que fuera sepultado, con gran pompa en la sede episcopal, junto a sus predecesores. El Concilio de Calcedonia que tuvo lugar en 451, reivindicó su memoria, restituyó a Eusebio de Dorileo y depuso y desterró a Dióscoro de Alejandría.
A pesar de los numerosos documentos sirios descubiertos en los últimos años sobre san Flaviano y el Latrocinium, muchos puntos quedan todavía en la oscuridad, porque las fuentes se contradicen entre sí. Se encontrará una discusión a fondo sobre la cuestión, en Hefele-Leclerq, Histoire des Conciles, vol. II, pp. 499-880. El Martirologio Romano no llama explícitamente mártir a san Flaviano, pero dice que fue «fue atacado con puñetazos y patadas por los partidarios del impío Dióscoro y, enviado al exilio, falleció poco después». Sin embargo, los documentos se contradicen acerca de la muerte de san Flaviano.