El patrono de Madrid nació en lo que es ahora la capital de España. Sus padres, que eran pobres, le dieron el nombre de Isidro o Isidoro, en honor del célebre arzobispo de Sevilla. Como no pudieron enviar a su hijo a la escuela, se encargaron ellos mismos de inculcarle sus escasos conocimientos junto con el horror del pecado y el amor a la oración. En cuanto tuvo edad suficiente para trabajar, Isidro entró al servicio de un rico propietario madrileño llamado Juan de Vargas, en cuya casa estaba destinado a trabajar toda su vida como labrador. Isidro se casó con una muchacha pobre, santa Toribia, tan buena como él; pero después del nacimiento de su primer hijo, que murió en la infancia, ambos decidieron servir a Dios en continencia perfecta. La vida de san Isidro fue un modelo de perfección cristiana en el mundo. Se levantaba muy temprano todos los días para ir a misa. Durante la jornada, en tanto que su mano guiaba el arado, su corazón conversaba con Dios, con su ángel guardián y con los santos del cielo. Pasaba los días de fiesta en visitas a las iglesias de Madrid y los alrededores. Aunque era muy amable con los demás y estaba dispuesto a prestar ayuda, san Isidro no escapó de los ataques de las malas lenguas, pues sus compañeros le acusaron de que llegaba tarde al trabajo por meterse en la iglesia. Para averiguar la verdad, Don Juan de Vargas se puso personalmente al acecho y comprobó, en efecto, que Isidro llegaba tarde al trabajo; se disponía ya a reprenderle, cuando vio, con la sorpresa que es de imaginar, que una yunta de bueyes blancos, guiada por la mano de un desconocido, araba el campo junto al arado de San Isidro. Mientras contemplaba la escena, paralizado por el asombro, desapareció la yunta maravillosa y el propietario comprendió que el cielo se encargaba de suplir el trabajo del santo labrador. Otras personas atestiguaron también que habían visto cómo los ángeles ayudaban a san Isidro. Don Juan de Vargas concibió desde entonces gran respeto por su servidor, quien, según la leyenda, obró varios milagros entre los miembros de la familia de su amo.
El santo era muy generoso con los pobres; con frecuencia los invitaba a su mesa y reservaba para sí los restos de la comida. En una ocasión en que había sido invitado a un banquete por una cofradía, san Isidro permaneció en la iglesia, absorto en oración, y llegó cuando la fiesta tocaba a su fin, seguido por un grupo de mendigos. Sus huéspedes le recibieron con cierta frialdad y le dijeron que le habían guardado su porción, pero que no podían alimentar a todos sus compañeros. San Isidro les contestó que su porción bastaba para él y todo el grupo y así sucedió, en efecto. Una de las leyendas que corren sobre el santo, ilustra su amor por los animales. En un helado día de invierno, cuando transportaba una bolsa de grano, vio una bandada de pájaros acurrucados tristemente en las ramas esqueléticas de los árboles. Comprendió que no habían encontrado qué comer y, al instante el santo abrió la bolsa y echó a las aves la mitad del contenido, a pesar de las burlas de su compañero. Pero, cuando llegaron al sitio de la siembra, la bolsa estaba llena y la semilla produjo en la cosecha el doble de lo acostumbrado.
San Isidro murió el 15 de mayo de 1130. Su esposa, que le sobrevivió varios años, alcanzó también el honor de los altares. En España se la llama santa María de la Cabeza, porque se acostumbraba llevar en procesión su cabeza durante las épocas de sequía. El cuerpo de san Isidro fue trasladado, cuarenta años después de su muerte, a un santuario más rico. Su culto se popularizó mucho por los milagros que el santo obró allí. Se dice que en 1211 se apareció al rey Alfonso de Castilla, que se hallaba entonces combatiendo a los moros en las Navas de Tolosa, para mostrarle un sendero que permitió al monarca caer por sorpresa sobre el enemigo y derrotarle. Más de cuatro siglos después, el rey Felipe III llegó tan enfermo a Casarrubios del Monte, que los médicos perdieron toda esperanza de salvarle. Se organizó entonces una procesión para trasladar las reliquias de san Isidro desde Madrid hasta el lecho del monarca; en el momento en que las reliquias salían de la iglesia de San Andrés, desapareció la fiebre y, cuando llegaron al dormitorio del rey, quedó éste completamente curado. La familia real de España, promovió ardientemente la causa de san Isidro, quien fue canonizado en marzo de 1622, junto con san Ignacio, san Francisco Javier, santa Teresa y san Felipe Neri. En España se les llama, desde entonces, «los cinco santos».
El documento fundamental sobre el que se basa casi totalmente lo que sabemos de Isidro es una vida escrita por «Juan el Diácono», quien probablemente se identifica con el escritor franciscano Juan Egidio de Zamora. Se encuentra impreso en Acta Sanctorum, mayo, vol. III, pero no puede tenerse como un registro fidedigno, ya que fue compilado ciento cincuenta años después de la muerte del santo. Una edición crítica de este texto latino fue publicada por F. Fita, en el Boletín de la Real Academia de la Historia, vol. IX, (1886), pp. 102, 152. Existen numerosas vidas escritas en castellano y en italiano, lo mismo que varios poemas de Lope de Vega. La mejor biografía parece ser la del P. J. Bleda (1622). También existe una narración moderna en francés, debida a la pluma de J.P. Toussaint, (1901). Pero sin duda, quien trata más satisfactoriamente los puntos de interés en la historia de san Isidro es el P. García Villada en Razón y Fe, mayo, 1929. Este autor proporciona multitud de detalles respecto a la preservación del cuerpo del santo, que aunque momificado se encuentra todavía completo.