El obispo Juan que conmemoramos hoy fue el segundo obispo de Jerusalén en llevar ese nombre (el anterior es del siglo II), y ejerció su ministerio en la época en que la sede de Jerusalén se había convertido en patriarcado (325-451). Eran tiempos de graves controversias doctrinarias y políticas, en una mezcla difícil de discernir. Juan sucedió en el 386 al grande, pero también controvertido, San Cirilo de Jerusalén, que gobernó el patriarcado del 350 al 386, aunque ese mandato se había visto interrumpido tres veces por los intentos de los arrianos de imponer sus propios patriarcas. Se necesitaba mucha fuerza interior, mucha santidad y mucha ciencia para suceder a Cirilo, y para mantenerse en medio de las disputas que atravesaban cada punto de la doctrina, principalmente contra los arrianos (que ya habían sido formalmente expulsados en el 325), intentando mantener o acrecentar sus sedes episcopales y su influencia sobre los emperadores.
En el caso de Juan, su figura resulta históricamente poco conocida (se verá que no hay casi ningún santoral que cuente su biografía, ni figura en Acta Sanctorum, y apenas en la actualidad se lo comienza a estudiar) porque san Jerónimo, que era en ese momento abad en Belén -y dejaba sentir su influencia en toda la Iglesia-, sospechó de su ortodoxia, por considerarlo un "origenista" encubierto. Orígenes había sido un gran escritor eclesiástico (de hecho lo contamos entre los Padres de la Iglesia) del siglo III, pero cuyo método alegórico de lectura de la Biblia, junto a un uso desproporcionado del platonismo, lo habían llevado a formular la doctrina, sobre todo sobre la preexistencia de las almas, el destino final, y otros aspectos, de una manera que fue duramente combatida por san Jerónimo y otros Padres, de tal modo que algunas de sus enseñanzas estaban, en época de Juan, prohibidas, o lo estarían poco tiempo después.
Por lo que podemos saber hoy, no fue un origenista, en el sentido de seguir fielmente las doctrinas de Orígenes, aunque sí lo respetó como gran escritor eclesiástico, y tomó de él muchos aspectos (cosa que de hecho la Iglesia ha hecho siempre, y hace). La verdad es que no hay razón para la sospecha jeronimiana, pero eso dio como consecuencia su "damnatio memoriae", es decir, que al morir se obviaran las referencias a él, por lo que algunos estudiosos piensan que algunas obras que conocemos como de san Cirilo de Jerusalén son en realidad de nuestro san Juan, pero cuyo nombre se ha omitido para poder difundirlas sin caer en las iras de los jeronimianos. Efectivamente, hay firmes indicios (aunque la cosa no esta aun resuelta entre los estudiosos) de que las cinco "Catequesis mistagógicas" que normalmente se conocen como de san Cirilo, sean en realidad de san Juan II de Jerusalén.
En el siglo XX se han descubierto dos homilías que pueden atribuirse con certeza al santo (al menos la segunda): "Homilía para la Fiesta de los Ángeles" y "Para la dedicaciónn de la Iglesia de Sión", y su figura ha comenzado a concitar de nuevo un poco de atención.
El toque de salida para los nuevos estudios acerca del santo es el trabajo a él dedicado en Anallecta Bollandiana, nº 102, de 1984, por M. van Esbroeck, aunque las dudas sobre la autoría de las Catequesis Mistagógicas son anteriores. En la Wikipedia en inglés hay un interesante artículo (que depende evidentemente del tomo mencionado de los Anallecta), que resume muy bien la controversia jeronimiana, con más detalles que lo aquí reseñado. Puede leerse (en inglés) dos textos fundamentales de san Jerónimo: El Tratado contra Juan de Jerusalén y la Carta LI de Epifanio a Juan de Jerusalén