Exceptuando a san Antonio, ningún ermitaño del desierto adquirió tan amplia fama como san Juan de Egipto, que fue consultado por emperadores y cuyas alabanzas fueron cantadas por san Jerónimo, Paladio, Casiano, san Agustín, y muchos otros. Nació en la baja Tebaida, en Licópolis, en el sitio de la actual ciudad de Asyut, y fue educado para el oficio de carpintero. A la edad de veinticinco años, abandonó el mundo y se puso bajo la dirección de un anciano anacoreta, quien, durante diez o doce años, lo ejercitó en la obediencia y abnegación de sí mismo. Juan obedeció sin replicar, por irracional que fuera la tarea que se le imponía. Durante todo un año, por mandato de su padre espiritual, diariamente regó un palo seco como si hubiera sido una planta viva y obedeció otras órdenes igualmente ridiculas. El continuó en este ejercicio hasta la muerte del anciano, y a su humildad y pronta obediencia atribuye Casiano los dones extraordinarios que más tarde recibió de Dios. Parece haber pasado cuatro o cinco años visitando varios monasterios. Finalmente se retiró a la cumbre de una escarpada colina, cerca de Licópolis, e hizo en la roca tres pequeñas celdas contiguas. Una como alcoba, otra como cuarto de trabajo y asistencia y la tercera como oratorio. Después tapió todos los accesos, dejando solamente una pequeña ventana, a través de la cual recibía las cosas necesarias para la vida y hablaba con aquellos que lo visitaban. Durante cinco días de la semana conversaba solamente con Dios, pero los sábados y los domingos, los hombres -nunca las mujeres- tenían libre acceso a él para oír sus instrucciones y sus consejos espirituales. Nunca comió antes de la puesta del sol, y se alimentaba con frutos secos y legumbres. Al principio, mientras llegó a acostumbrarse, padeció terriblemente, ya que no comía pan ni nada que fuera cocinado al fuego, pero continuó con su dieta desde los cuarenta hasta las noventa años.
Él no fundó ninguna comunidad, y sin embargo se le consideraba como el padre de todos los ascetas de la comarca y, cuando sus visitantes llegaron a ser tan numerosos que se hizo necesario construir una hospedería para recibirlos, el lugar fue administrado por sus discípulos. San Juan fue especialmente famoso por sus profecías, sus milagros y su poder de leer los pensamientos y de descubrir los pecados secretos de aquellos que lo visitaban. Maravillosas curaciones se realizaron con sólo aplicarles a los enfermos y a los ciegos el aceite que el hombre de Dios había bendecido. De sus muchas profecías, las más célebres fueron las que hizo al emperador Teodosio I. Juan le dijo que saldría victorioso en su lucha contra Máximo, y el emperador, confiado en esto, atacó y derrotó a su enemigo. Nuevamente en 392, cuatro años después, cuando Eugenio se apoderó del imperio de occidente, Teodosio acudió en busca del auxilio del recluso. Envió al eunuco Eutropio a Egipto, con instrucciones de que le llevara a san Juan, si era posible, pero que en cualquier forma averiguara con él si era mejor marchar contra Eugenio o esperar su ataque. El santo se rehusó a abandonar su celda, pero mandó decir que Teodosio saldría victorioso, aunque a costa de mucha sangre y que no sobreviviría largo tiempo a su triunfo. La predicción se cumplió: Eugenio fue derrotado en las llanuras de Aquilea y Teodosio murió pocos meses después.
Poco antes de su muerte, san Juan fue visitado por Paladio, quien nos hace un interesante relato de su viaje y recibimiento. El venerable ermitaño le dijo que estaba destinado a ser un día consagrado obispo y reveló otras muchas cosas de las que normalmente no podía tener conocimiento. De igual manera, cuando unos monjes llegaron a verlo desde Jerusalén, Juan reconoció al momento que uno de ellos era diácono, aun cuando el hecho había sido ocultado. El ermitaño tenía entonces 90 años y murió poco después. Advertido por Dios de su próximo fin, cerró su ventana y ordenó que nadie se acercara a él durante tres días. Murió pacíficamente al fin de ese lapso, estando de rodillas en oración. En 1901, la celda que él había ocupado fue descubierta cerca de Asyut.
Los bolandistas, en el Acta Sanctorum de marzo, vol. III, han extractado los principales hechos atribuidos a san Juan de Egipto en la Historia Lausiaca, de Paladio, en la Historia Monachorum y en otras partes. Referente al texto de Paladio, tenemos que consultar a C. Butler o Lucot. Para la Historia Monachorum, ver Preuschen, Palladius und Rufinus. N. de ETF: en la edición anterior del Martirologio figuraba en esta fecha otro padre del desierto de nombre Juan, san Juan Kolobos (o san Juan el enano), conocido a través de los famosos «Apotegmas de lso Padres del desierto», al que se suele situar un siglo después que el de Licópolis; a él se atribuía la misma anécdota del riego del palo seco que finalmente florece por obediencia. En el Martirologio Romano actual el de Licópolis ha sido trasladado a esta fecha (antes se celebraba el 27 de marzo) y el Kolobos ha desaparecido. Posiblemente se considere en la actualidad que son la misma persona, aunque no fue posible verificar el dato. La imagen que ilustra esta hagiografía corresponde a Juan Kolobos.