Juan Gualberto nació en Florencia, a fines del siglo X, en el seno de una familia de la nobleza. Su único hermano, Hugo, mayor que él, fue asesinado por un joven que se hacía pasar por su amigo. Juan consideró como un deber vengar la muerte de su hermano. Por su parte, su padre le incitó también a la venganza, de suerte que el futuro santo desoyó completamente la voz de la religión y de la razón. La venganza es un crimen aun en el caso de que constituya simplemente el motivo por el que se pide el justo castigo del ofensor; pero lo es mucho mayor cuando se trata de devolver injuria por injuria y de hacerse justicia por propia mano. Sin embargo, Juan estaba convencido de que el honor exigía castigar al asesino de su hermano. Un día se encontró frente a frente con éste en un pasaje tan estrecho, que ninguno de los dos podía volver atrás. Juan desenvainó la espada y avanzó hacia el asesino, que estaba desarmado y cayó de rodillas con los brazos sobre el pecho, como para protegerse y pedir clemencia. Súbitamente, Juan recordó que Cristo había orado por sus enemigos en la cruz; movido por aquel recuerdo envainó la espada, abrazó al asesino y ambos se separaron en paz. Juan prosiguió entonces su camino hasta llegar al monasterio de San Miniato, entró en la iglesia y se arrodilló ante un crucifijo. De pronto, la imagen de Cristo inclinó la cabeza hacia el joven, como si quisiese darle a entender que había aceptado su sacrificio y su sincero arrepentimiento.
La gracia se posesionó de tal modo del alma del joven, que inmediatamente fue a pedir al abad que le admitiese en la vida religiosa. El abad vacilaba en hacerlo, temiendo la cólera del padre de Juan; pero, a los pocos días, Juan se cortó espontáneamente el cabello y se vistió con un hábito que había conseguido prestado. Acto seguido empezó una vida nueva. A la muerte del abad de San Miniato, Juan abandonó el convento con otro compañero y partió en busca de un sitio más retirado, pues la elección del nuevo abad había sido escandalosa. Durante una peregrinación que hizo al santuario de Camáldoli, resolvió fundar una orden nueva. Para ello escogió un hermoso valle de las cercanías de Fiésole, llamado Vallis Umbrosa, donde construyó con sus compañeros un pequeño monasterio de madera y adobe. Ahí se estableció la nueva comunidad, que seguía la regla primitiva de San Benito con toda su austeridad. La abadesa de Sant´Ellero regaló más tarde a los monjes el terreno para la construcción de un monasterio definitivo. Juan modificó un tanto la regla, ya que suprimió el trabajo manual para los monjes de coro e introdujo a los «conversi» o hermanos legos. Probablemente el monasterio de Valleumbrosa fue el primero que tuvo hermanos legos. La vida de los monjes era sumamente austera, y la comunidad floreció mucho en una época, aunque con el tiempo fue mermando.
Juan Gualberto temía tanto el extremo de la laxitud como el de la dureza; fue un fiel imitador del celo y la docilidad de Moisés, a quien las Escrituras llaman «un hombre que excedía en mansedumbre a todos los otros hombres». Tan humilde era San Juan Gualberto, que ni siquiera quiso recibir las órdenes menores. Velaba particularmente por la pobreza y no quería que sus monasterios fuesen demasiado imponentes ni costosos, pues lo consideraba como poco conforme con el espíritu de pobreza. Se distinguió por su amor a los pobres, a los que jamás dejaba partir del monasterio con las manos vacías. Se cuenta, que en varias ocasiones, el santo acabó con las provisiones del monasterio por darlas a los necesitados. Durante una época de hambre, socorrió milagrosamente a las multitudes que acudían a Rozzuolo. Dios concedió a San Juan Gualberto el don de profecía, y el de obrar milagros, ya que devolvió la salud a varios enfermos. El papa san León IX fue a Passignano expresamente para ver al santo, y Esteban X le profesó la mayor estima. El papa Alejandro II afirmó que san Juan Gualberto había acabado con la simonía en los alrededores del sitio en que habitaba, ya que el amor del santo por el retiro no impedía a él ni a sus monjes tomar parte activa en la lucha contra ese vicio, entonces tan extendido.
San Juan Gualberto murió el 12 de julio de 1073. Esa es la única fecha de su vida que conocemos con certeza. El papa Celestino III le canonizó en 1193. Los materiales sobre la vida de san Juan Gualberto son, en cierto sentido, bastante abundantes pero ofrecen pocos datos de interés.
La biografía más antigua es la del Beato Andrés de Strumi (c. 1097); pero el único manuscrito que existe está incompleto. El beato Atto debió escribir la biografía de san Juan Gualberto en los cincuenta años que siguieron a la muerte del santo. Tal vez una de las fuentes más importantes es un relato que data del siglo XII; Davidsohn lo editó en Forschungen zur ülteren Geschichte von Florenz (1896). Es curioso notar que en esta obra no se habla de que san Juan Gualberto haya perdonado al asesino de su hermano, cosa que se considera generalmente como el principio de su conversión. Las dos biografías citadas en primer lugar se hallan en Acta Sanctorum, julio, vol. III. Cf. Lugano. L'Italia Benedettina (1929) , pp. 307-356.
Cuadro: Raffaellino del Garbo: Juan Gualberto con otros santos, 1508, en la sacristía de la iglesia del monasterio de Vallombrosa.