San León, que era originario de Sicilia, fue elegido para suceder al papa san Agatón a principios del año 681. Su breve pontificado ha pasado a la historia sobre todo porque fue él quien confirmó las actas del sexto Concilio ecuménico (Constantinopla III), que había condenado a los monotelitas y censurado al papa Honorio I por no haberse mostrado suficientemente firme respecto de esos herejes. Los monotelitas afirmaban que hay en Cristo una sola voluntad, en vez de distinguir la voluntad divina y la humana, «...sin división, sin conmutación, sin separación, sin confusión, según la enseñanza de los Santos Padres; y dos voluntades, no contrarias -¡Dios nos libre!-, como dijeron los impíos herejes, sino que su voluntad humana sigue a su voluntad divina y omnipotente, sin oponérsele ni combatirla, antes bien, enteramente sometida a ella» (Constantinopla III, Dz. 291).
San León mandó trasladar las reliquias de numerosos mártires de las catacumbas a la capilla que había construido con ese fin. Mons. Duchesne ha demostrado que san León construyó también la iglesia de «San Jorge in Velabro», que fue la iglesia titular del cardenal Newman. El Liber Pontificalis alaba el celo que San León demostró como maestro y predicador, así como su caridad con los necesitados. Era un predicador elocuente y un músico muy hábil. El Liber Pontificalis hace notar que el santo Pontífice conocía a la perfección el griego y el latín; pero eso era algo normal entre los sicilicianos del siglo VII.
Casi todos los datos que poseemos sobre san León II proceden del Liber Pontificalis (ed. Duchesne, vol. I, pp. 359-362). Para conocer sobre la cuestión del papa Honorio y el conflicto monotelita puede leerse un artículo sencillo en la «Cronología de los Papas», de Mathieu-Rosay (tr. castellana, Rialp, 1990), libro parcialmente reproducido aquí.