El santo confesor Pafnucio fue un egipcio que pasó varios años en el desierto, bajo la guía del gran san Antonio, y luego llegó a ocupar una sede episcopal en la alta Tebaida. Cuando la persecución del emperador Maximino, Pafnucio fue uno de los muchos cristianos a los que les sacaron un ojo y les marcaron con un hierro candente la pierna izquierda, antes de enviarlos a trabajar en las minas. Al restablecerse la paz para la Iglesia, Pafnucio regresó a su sede y, durante el resto de su vida, hizo ostentación de las marcas gloriosas de sus sufrimientos por la causa de Jesús crucificado. Fue uno de los más ardientes defensores de la fe católica contra la herejía arriana y, tanto por sus virtudes como por el hecho de haber confesado su fe ante los perseguidores y bajo los tormentos, fue una figura relevante y venerada en el Concilio de la Iglesia, convocado en Nicea en el año 325.
No obstante que Pafnucio observó durante toda su vida la más estricta continencia, durante el concilio se distinguió por su oposición al celibato clerical. La mayoría de los obispos asistentes se habían pronunciado en favor de una ley general que prohibiese a todos los obispos, sacerdotes, diáconos y subdiáconos convivir con las mujeres con las que se habían casado antes de recibir su ordenación; pero Pafnucio dejó oír su voz en la asamblea para oponerse a la moción y sostuvo que ya era bastante conformarse con la antigua tradición de la Iglesia que prohibía a los clérigos casarse después de haber sido ordenados; recordó a los Padres que, para los casados, el uso de su vínculo matrimonial es castidad y les rogó que no impusieran el yugo de la separación a los clérigos y sus esposas. San Pafnucio acabó por convencer completamente al concilio y, hasta nuestros días, es ley de la Iglesia oriental, tanto católica como disidente, que los hombres casados pueden recibir la ordenación sagrada, del episcopado para abajo, y vivir con sus esposas al mismo tiempo.
San Pafnucio permaneció siempre en estrecha relación con san Atanasio y los otros prelados ortodoxos. Él y otros obispos egipcios acompañaron a su santo patriarca al Concilio de Tiro, en 335, y ahí descubrieron que la mayor parte de los miembros que componían la asamblea, profesaban la doctrina herética del arrianismo. Cuando Pafnucio vio entre aquellos herejes a Máximo, obispo de Jerusalén, se sintió hondamente preocupado de que un prelado como aquél, que había sufrido en la última persecución, anduviera en tan malas compañías; entonces tomó al obispo por la mano, lo condujo fuera de la sala y le reconvino que alguien que llevaba las mismas gloriosas marcas que él mismo, por haber defendido la fe, se dejase arrastrar y conducir por gentes que se obstinaban en el error y estaban decididas a combatir y condenar el artículo más rígido y fundamental de aquella fe. Máximo se conmovió por la apelación del santo y, al regresar a la sala de la asamblea, ocupó un escaño entre los partidarios de san Atanasio y ya nunca desertó de aquel bando.
Algunas veces se ha dado a San Pafnucio el título de "Grande", para distinguirlo de otros santos con el mismo nombre. Se desconoce la fecha de su muerte.
No hay una biografía antigua de San Pafnucio, pero en el Acta Sanctorum, sept. vol. III , se publican varios párrafos tomados de las obras de los historiadores Sócrates y Teodoreto. A menudo se ha discutido la autenticidad de la declaración sobre el celibato, atribuida a Pafnucio.