Pedro Favre era el más viejo de los primeros compañeros de san Ignacio de Loyola y, junto con san Francisco Javier, el más estimado por él. También fue uno de los primeros jesuitas que se dedicaron a combatir el protestantismo. Había nacido en Saboya en 1506, en el seno de una familia de campesinos. A los diez años, mientras cuidaba las ovejas, Pedro soñaba con poder estudiar algún día. Finalmente, para gran gozo suyo, fue enviado a estudiar, primero en casa de un sacerdote de Tônes y, después, en la escuela de la localidad. En 1525, se trasladó a París e ingresó en el Colegio de Santa Bárbara. Ahí compartió la habitación con un navarro llamado Francisco Javier y conoció a un antiguo estudiante de la Universidad de Salamanca, Ignacio de Loyola. Los tres se hicieron íntimos amigos. En 1530, Favre y Javier obtuvieron la licencia en artes. Favre vaciló algún tiempo acerca de la carrera que debía escoger, pues le atraían por igual la medicina, la abogacía la enseñanza, y Dios no le había llamado todavía claramente a abandonar el mundo. Por fin, decidió seguir a Ignacio y recibió la ordenación sacerdotal en 1534. El 15 de agosto del mismo año celebró en Montmartre la misa en la que los siete primeros jesuitas hicieron los votos. Favre era el superior del grupo con el que se reunió San Ignacio, en Venecia, a principios de 1537; pero no pudieron partir a Tierra Santa, a donde querían ir a predicar el Evangelio, porque la guerra con los turcos hacía imposible el viaje. A fines de ese año, Favre fue con Ignacio y Laínez a Roma, donde se les nombró predicadores de la Sede Apostólica. Favre fue profesor en la Universidad durante algún tiempo.
En aquella época, el emperados Carlos V trataba de arreglar las dificultades religiosas que habían estallado en Alemania, mediante una serie de «dietas» o reuniones entre los católicos y los jefes protestantes. Paulo III nombró a Pedro Favre como representante suyo en la dieta celebrada en Wurms en 1510. La reunión fracasó, como se sabe, y Favre asistió el año siguiente a la dieta de Ratishona. Pedro estaba convencido de que, tanto el emperador como los altos dignatarios eclesiásticos, no se daban cuenta de que mucho más que las discusiones con los herejes, lo que necesitaba la Iglesia en Alemania era una verdadera reforma en la vida del clero y los fieles. Favre quedó abrumado al ver el estado religioso del país, la negligencia y mala vida de los católicos y se dedicó a la predicación y la dirección espiritual en Speyer, Ratisbona y Mainz. En esta última ciudad, Pedro Canisio, que era todavía laico, hizo los ejercicios bajo la dirección del beato e ingresó en la Compañía de Jesús. Si la Renania se conservó católica, lo debió en gran parte a la actividad y la influencia de Pedro Favre. Éste trabajó con gran éxito en Colonia, cuyo arzobispo, Herman von Wied, era protestante, y contribuyó a fundar ahí la primera residencia de los jesuitas. Después fue enviado a Portugal y más tarde a España. A su paso por Francia, estuvo siete días prisionero; entonces, hizo el voto de no admitir jamás estipendios por la misa y la predicación, a no ser que ello constituyese una injusticia respecto de otros sacerdotes. En España prosiguió la tarea de dar los Ejercicios de san Ignacio a clérigos y laicos y obtuvo éxitos muy notables. También tradujo al latín los ejercicios para los cartujos de Colonia. Uno de los españoles que experimentaron los frutos benéficos de la influencia de Favre fue el duque de Gandía, Francisco de Borja.
Paulo III deseaba que Favre fuese uno de sus teólogos en el Concilio de Trento. El beato sentía cierta repugnancia a participar en el Concilio, pero, según escribió: «Decidí plegarme al deseo del arzobispo de Mainz, quien quería que le acompañase al Concilio de Trento, que iba a comenzar el 19 de noviembre. Antes de tomar esa determinación, me había sentido movido por varios espíritus y había experimentado cierta melancolía; pero el Señor me sacó de esa prueba mediante la santa virtud de la obediencia ciega, que es mucho más eficaz que la consideración de la propia insuficiencia o de la dificultad de cumplir lo que se manda». En 1546, el Papa llamó a Favre al Concilio, lo cual no hizo sino confirmarle en su anterior resolución, aunque se hallaba enfermo y el calor del verano era insoportable. Desgraciadamente, el esfuerzo que tuvo que hacer fue demasiado grande para sus fuerzas. Aunque sólo tenía cuarenta años, estaba gastado por los viajes y el trabajo, de suerte que murió poco después de llegar a Roma, en brazos de san Ignacio.
Pedro Favre dejó en su «Memorial» una descripción detallada de su propia vida espiritual durante un largo período, en el que anotó, casi día por día, las gracias que Dios le otorgaba, sobre todo en la misa. El párrafo que citamos a continuación es característico: «Un día fui al palacio a oír el sermón en la capilla del príncipe. Como el portero no me conocía, no me dejó entrar, de suerte que tuve que quedarme fuera. Entonces pensé cuántas veces en mi vida he dejado entrar en mi alma pensamientos vanos e imágenes pecaminosas y he cerrado la puerta a Jesús, que se quedaba llamando afuera. También pensé cuan mal recibe el mundo a Jesús y oré por mí y por el portero, para que el Señor no nos haga esperar largo tiempo en el purgatorio antes de admitirnos en el cielo. Tuve igualmente otros muchos buenos pensamientos en esa ocasión. de suerte que quedé muy agradecido con el portero del que Dios se había valido para darme tanta devoción.» Quien era capaz de sentimientos tan bondadosos no podía menos de oponerse al empleo de la violencia contra los protestantes y no concebía grandes esperanzas sobre las dietas y conferencias demasiado formales. Ello no le impidió hablar personalmente con Lutero y Melanchton y refutarles en las discusiones públicas, no sin gran fruto; pero consideraba mucho más importante emplear la persuasión para convertir profundamente los corazones y llevarles de la mano a la enmienda de la vida y al redil de Cristo. A este propósito escribió: «Es necesario que quien desea ayudar a los herejes de la época actual los quiera y los ame realmente y desarraigue de su corazón todos los pensamientos y sentimientos que tenga contra ellos. El siguiente paso consiste en ganarse la buena voluntad y el afecto de los herejes, tratando y conversando con ellos sobre los puntos en que estancos de acuerdo con ellos y evitando cuidadosamente los puntos controvertidos que llevan al distanciamiento y las recriminaciones mutuas. El primer paso hay que darlo en el terreno de las cosas que nos unen y no en el de las que nos separan.»
Simón Rodríguez confesaba que había en Favre un encanto y una bondad que jamás había visto en otro hombre: «No encuentro palabras para expresar el afecto encantador con que se ganaba la voluntad y el corazón de cuantos conocía para dirigirlos a Dios. Cuando Favre hablaba de las cosas divinas, parecía que tenía en sus labios la llave de los corazones, pues los movía y atraía poderosamente. Y sólo la reverencia con que las gentes escuchaban sus palabras, llenas de suave gravedad y firme virtud, igualaba el amor que sabía inspirar». El culto de san Pedro Favre fue confirmado -cmo es habitual, como beato- en 1872, pero el papa Francisco, en 2013, extendió ese culto a la iglesia universal, y por tanto lo inscribió como santo.
Desde que los jesuitas españoles empezaron a publicar los Monumenta Historica Societatis Jesu, están al alcance de todos los lectores muchísimos documentos relacionados con los primeros compañeros de San Ignacio. En un volumen de casi mil páginas, titulado Fabri Monumenta, hay una edición crítica de las cartas y el Memoriale de Favre y de los documentos del proceso de beatificación; entre éstos se cuenta el "processus informativus", que se inició extraoficialmente en 1596 y fue ratificado en 1607 por el obispo de Ginebra, que era entonces san Francisco de Sales. Acta de confirmación de culto en ASS 07 (1872-3), pág. 138.