Santa Alfonsa de la Inmaculada Concepción nació en Kudamalur, de la región de Arpookara, en la diócesis de Changanacherry, India, el 19 de agosto de 1910, de la antigua y noble familia de los Muttathupadathu. Desde su nacimiento, la vida de la Santa estuvo marcada por la cruz, que se le revelará progresivamente como el único camino para conformarse con Cristo. La mamá, María Puthukari, la dio a luz prematuramente al octavo mes de embarazo, después del susto provocado por una serpiente que se le enrolló a la cintura, mientras dormía. Ocho días después, el 28 de agosto, la pequeña venía bautizada según el rito siro malabar por el párroco Padre José Chakalayil recibía el nombre de Annakutty, diminutivo de Ana. Era la última de cinco hijos. Transcurridos apenas tres meses, murió la madre. Annakutty pasó sus primeros años en casa de los abuelos en Elumparambil. Allí vivió un tiempo particularmente feliz para su formación humana y cristiana, durante el cual aparecieron en ella los primeros gérmenes de vocación. La abuela, mujer piadosa y caritativa, le comunicó la alegría de la fe, el amor a la oración, el impulso de la caridad para con los pobres. A los cinco años la niña sabía ya guiar, con entusiasmo infantil, la oración vespertina de la familia reunida, según el uso siro malabar, en la «sala de oración».
El 11 de noviembre de 1917, Annakutty recibió por primera vez el pan eucarístico. Decía a sus amigas «¿Saben por qué hoy estoy particularmente contenta? ¡Porque tengo a Jesús en mi corazón!». Y en una carta a su padre espiritual, del 30 de noviembre de 1943, le había confiado: «Desde la edad de siete años no soy más mía. Me he dedicado toda a mi Esposo divino. Lo sabe bien Su Reverencia».
El mismo año de 1917 comenzó a frecuentar la escuela elemental de Thonnankuzhy, donde estableció una sincera amistad también con los niños hinduistas. Acabado el primer ciclo de instrucción, en 1920, viene el tiempo de trasladarse a Muttuchira, a casa de la tía Anna Murickal, a la que la mamá la había encomendado antes de morir, como madre adoptiva. La tía era una mujer severa y exigente, con tratos despóticos y violentos exigía de Annakutty la obediencia a sus más mínimas disposiciones o deseos. Asidua en las prácticas religiosas, acompañaba a la sobrina, pero no compartía la amistad de la joven con las Carmelitas del monasterio vecino, ni sus largas jornadas de oración al pie del altar. Sin embargo estaba bien determinada a procurar un ventajoso matrimonio a Annakutty, obstaculizando los claros signos de su vocación religiosa.
La virtud de la Santa se manifestó en aceptar esta severa y rígida educación como una senda de humildad y paciencia por amor a Cristo, resistiendo tenazmente los reiterados intentos de noviazgo a los que buscaba obligarla la tía. Para sustraerse al compromiso de matrimonio, Annakutty llegó al punto de provocarse voluntariamente una gravísima quemadura, poniendo el pie en brasas ardientes. «Mi noviazgo estuvo determinado cuando tenía trece años cumplidos. ¿Qué podía hacer para evitarlo? Oré toda la noche... entonces me vino una idea. ¡Si mi cuerpo hubiese estado un poco desfigurado, ninguno me habría querido!... ¡Cuánto he sufrido! Y todo lo ofrecí por mi gran intención». El propósito de disimular su singular belleza no valió del todo para librarla de las atenciones de los pretendientes. También en los años siguientes la Santa debió defender la propia vocación, incluso durante el año de prueba, cuando se intentó darla en matrimonio con la complicidad de la misma maestra de formación. «¡Oh, vocación que he recibido! ¡Don de mi buen Dios!... Dios vio el dolor de mi ánimo aquel día. Dios alejó las dificultades y me afianzó en este estado religioso».
Fue el P. Giacomo Muricken, su confesor, quien la orientó hacia la espiritualidad franciscana y para hacerla conocer la Congregación de las Franciscanas Clarisas. El 24 de mayo de 1927 Annakutty ingresaba en su colegio de Bharananganam en el actual territorio de la diócesis de Palai, para asistir como interna a la séptima clase. El año siguiente, el 2 de agosto de 1928, Annakutty iniciaba el Postulantado, tomando el nombre de Alfonsa de la Inmaculada Concepción, en honor de S. Alfonso de Ligorio, celebrado aquel día. El 19 de mayo de 1930 fue la vestición religiosa durante la primera visita pastoral a Bharananganam del Obispo Mar Giacomo Kalacherry.
El período de 1930-1935 estuvo marcado por graves enfermedades y sufrimientos morales. Pudo enseñar a los niños en la escuela de Vakakkad sólo el año escolar de 1932-33. Después, a causa de su debilidad, desempeña la tarea de auxiliar enseñante y de catequista en la parroquia. Estuvo encargada también como secretaria, sobre todo para escribir cartas oficiales, por su hermosa letra. En 1934 fue introducido en la Congregación de las Franciscanas Clarisas el noviciado canónico. Deseando comenzarlo de inmediato, la Santa, a consecuencia de su inestable salud, fue admitida hasta el 12 de agosto de 1935. Casi una semana después de comenzado el Noviciado se presentaron hemorragias de la nariz y de los ojos, un profundo agotamiento orgánico y llagas purulentas en las piernas. La enfermedad se agravó a tal punto que se temió lo peor. El cielo vino en ayuda de la santa novicia. Durante una novena al Siervo de Dios Padre Kuriakose Elía Chavara —Carmelitano, hoy Beato— fue milagrosa e instantáneamente curada. Reiniciado el noviciado escribía en su diario espiritual sus santos propósitos: «No quiero actuar o hablar según mi inclinación. Cada vez que falte haré una penitencia... quiero estar atenta y no contradecir jamás a ninguno. A los demás diré sólo palabras amables. Quiero controlar mis ojos con rigor. Por cada pequeña falta pediré perdón al Señor y la expiaré con una penitencia. De cualquier tipo que sean mis sufrimientos no me lamentaré jamás y cuando deba afrontar cualquier humillación buscaré refugio en el Sagrado Corazón de Jesús».
El 12 de agosto de 1936, fiesta de Santa Clara, día de su Profesión perpetua, fue de inexpresable alegría espiritual. Se realizaba el deseo largamente guardado en su corazón y confiado a su hermana Isabel cuando apenas tenía doce años: «Jesús es mi único Esposo, y ningún otro». Pero Jesús quería conducir a su esposa a la perfección por el camino del sufrimiento. «Hice mi profesión perpetua el 12 de agosto de 1936 y vine aquí a Bharanganam el día 14 siguiente. Desde aquel tiempo parece que me ha sido confiada una parte de la Cruz de Cristo. Ocasiones de sufrir me vienen en abundancia... Tengo un gran deseo de sufrir con alegría. Parece que mi Esposo quiere cumplir este deseo». Hubo una serie de enfermedades dolorosas: una fiebre tifoidea, una pulmonía doble y, lo más grave, un shock nervioso por el susto al ver un ladrón, la noche del 18 de octubre de 1940. El estado de postración física se prolongó cerca de un año durante el cual no estuvo en grado de leer ni de escribir. En toda situación Sor Alfonsa mantuvo una gran reserva y una actitud caritativa hacia las Hermanas, soportando en silencio sus sufrimientos. En 1945 sus enfermedades tuvieron un ataque violento.
Un tumor difundido en todo el organismo transformó su último año de vida en una continua agonía. Una gastroenteritis con complicación al hígado le provocaba violentas convulsiones con vómitos, hasta cuarenta veces al día. « Siento que el Señor me ha destinado a ser una oblación, un sacrificio de sufrimiento... Considero el día en que no he sufrido como un día perdido por mí». En esta actitud de víctima por amor al Señor, contenta hasta el último momento y con la sonrisa de la inocencia siempre impresa en sus labios, Sor Alfonsa terminó serenamente y con alegría su camino terreno en el convento de las Franciscanas Clarisas en Bharananganam a las 12:30 horas del 28 de julio de 1946, dejando el recuerdo de una Hermana llena de amor y santa.