Santa Cunegunda era hija de Sigfrido de Luxemburgo y de su santa esposa, Eduviges, quienes la educaron piadosamente. Cunegunda se casó con el duque Enrique de Baviera (el futuro emperador san Enrique II). Este le regaló un crucifijo oriental, idéntico, según parece, al que se halla actualmente en Munich. Algunos autores posteriores afirman que ambos esposos hicieron voto de virginidad el día de su matrimonio; pero los historiadores actuales niegan que haya pruebas suficientes en favor de esa tesis. El cardenal Humberto, que escribió a mediados del siglo XI, no menciona dicho voto y atribuye la esterilidad del matrimonio a un castigo de Dios por las exacciones que Enrique cometió contra la Iglesia. A la muerte del emperador Otón III, Enrique fue elegido rey de los romanos: Wiligio le coronó en Mainz y santa Cunegunda fue coronada como reina dos meses después, en Paderborn. En 1013, fueron juntos a Roma para recibir la corona imperial de manos del Papa Benedicto VIII.
Según cuentan los hagiógrafos de épocas posteriores, santa Cunegunda fue víctima de las malas lenguas, a pesar de la santa vida que llevaba, y hasta su mismo esposo dudó de ella alguna vez. Comprendiendo que su posición exigía la reivindicación de su fama, la emperatriz decidió someterse a la prueba del fuego y atravesó ilesa una cama de carbones ardientes. Enrique le pidió perdón por haber dudado de ella y, a partir de entonces vivieron estrechamente unidos, promoviendo de todas las maneras posibles la gloria de Dios y el progreso de la religión. Pero debe advertirse que no existen pruebas suficientes de esta leyenda.
Cediendo, en parte, a los ruegos de santa Cunegunda, el emperador fundó el monasterio y la catedral de Bamberg, que fue personalmente consagrada por el Papa Benedicto VIII. La emperatriz consiguió tales privilegios para una ciudad que, según la voz popular, los hilos de seda de Cunegunda la defendían mejor que todas las murallas. Durante una peligrosa enfermedad, la emperatriz prometió fundar un convento en Kafungen de Hesse, cerca de Cassel. Así lo hizo en cuanto recobró la salud y, cuando murió su esposo, estaba ya a punto de terminar otro convento para las religiosas de san Benito. Según parece, la emperatriz tenía una sobrina joven, llamada Judit, a la que profesaba mucho cariño y a la que había educado con gran solicitud. Santa Cunegunda nombró a Judit superiora del nuevo convento, no sin haberle dado antes muchos buenos consejos. Pero la joven abadesa empezó a dar muestras de laxitud y frivolidad, en cuanto se vio libre de la tutela de su tía. Era la primera en acudir al refectorio y la última en llegar a la capilla; y prestaba oídos a toda clase de habladillas y las propagaba. Inútiles resultaron todas las reprensiones de santa Cunegunda: la crisis estalló el día en que la abadesa, en vez de asistir a una procesión dominical, se quedó a pasar el rato con otras religiosas jóvenes. Llena de indignación, santa Cunegunda reprendió ásperamente a la culpable y aun la golpeó. Las marcas de los dedos de la santa quedaron impresas en las mejillas de la abadesa hasta el día de su muerte, y ese milagro no sólo convirtió a la abadesa desobligada, sino que ejerció un efecto saludable sobre toda la comunidad.
En 1024, el día del aniversario de la muerte de su esposo, santa Cunegunda invitó a numerosos prelados a la dedicación de la iglesia que había construido en Kafungen. Después del canto del Evangelio, la santa depositó sobre el altar una reliquia de la cruz de Jerusalén, cambió sus vestiduras imperiales por el hábito religioso y recibió el velo, de manos del obispo de la ciudad. Una vez en religión, pareció olvidar que había sido emperatriz y se consideraba como la ultima de las monjas, convencida de que eso era, a los ojos de Dios. Nada temía tanto como aquello que pudiera recordarle su antigua dignidad. Oraba y leía mucho, y se dedicaba especialmente a visitar y consolar a los enfermos. Así pasó los últimos años de su vida. Murió el 3 de marzo de 1033 (o 1039). Su cuerpo fue sepultado en Bamberg junto al de su esposo.
Sobre la vida de santa Cunegunda son más de fiar las crónicas contemporáneas que la biografía de época relativamente tardía; sobre todo, teniendo en cuenta que esta última fue escrita probablemente con miras a la canonización de la santa, que tuvo lugar hacia el año 1200. J. B. Sagmüller (Theologische Quartalschrift, 1903, 1907, 1911), ha estudiado a fondo las razones para descartar el voto de perpetua virginidad de santa Cunegunda y su esposo; cf. A. Michel, ibid., vol. XCVIII (1916), pp. 463-467. Los diversos textos de la biografía de santa Cunegunda, han sido publicados en Acta Sanctorum y en MGH, Scriptores, vol. VII. Existen algunas biografías modernas, más populares que críticas, como la de Toussaint y la de H. Müller; esta última es más bien una biografía de san Enrique y santa Cunegunda. Cf. Hauck, Kirchengeschichte Deutschalands, vol. III, p. 539.