La familia de Pazzi, emparentada con la familia Médicis que gobernaba Florencia, era una de las más ilustres de la ciudad. Dio al Estado una brillante serie de políticos, gobernantes, militares, y a la Iglesia, una mujer cuya fama supera a la de toda su parentela. El padre de la santa, Camilo Geri, estaba casado con María Buondelmonte, que pertenecía a una familia tan distinguida como la de su esposo. María Magdalena nació en Florencia, en 1556. Su nombre de bautismo era Catalina, en honor de santa Catalina de Siena. Fue extraordinariamente piadosa desde niña, e hizo la primera comunión a los diez años, con gran fervor. Como su padre había sido nombrado gobernador de Cortona, Magdalena se quedó como pensionaría en el convento de San Juan, en Florencia. Ahí pudo entregarse, a su gusto, a las prácticas de devoción, y empezó a familiarizarse con la atmósfera de la vida conventual.
Quince meses después, su padre la llamó a Cortona, con la intención de casarla. Entre los pretendientes había varios personajes destacados; pero la inclinación a la vida religiosa que mostraba la joven era tan fuerte, que sus padres acabaron por darle el permiso de ingresar en el convento. Catalina eligió el de las carmelitas, en Florencia, porque las religiosas comulgaban casi todos los días. La víspera de la fiesta de la Asunción de 1582 ingresó en el convento de Santa María de los Angeles. La única condición que le impuso su padre fue que no hiciese profesión antes de haber experimentado a fondo las dificultades de la vida religiosa. Dos semanas más tarde, su padre la obligó a volver a casa, con la esperanza de hacerla cambiar de parecer. Catalina permaneció firme en su resolución y, tres meses después, volvió al convento con la bendición de sus padres.
El 30 de enero de 1583, tomó el hábito y el nombre de María Magdalena. El sacerdote que se lo impuso, depositó el crucifijo en sus manos con estas palabras: «Líbreme Dios de gloriarme en otra cosa que en la cruz de Jesucristo». El rostro de Magdalena se transfiguró, y su corazón se inflamó en el deseo de sufrir toda su vida con Cristo. Ese deseo no haría más que crecer con los años. Al cabo de un fervoroso noviciado, Magdalena hizo los votos antes que sus compañeras, pues una enfermedad la puso a las puertas de la muerte. Como la santa sufría terriblemente, una religiosa le preguntó cómo podía soportar sus dolores sin una palabra de impaciencia. Magdalena señaló el crucifijo y respondió: «Mirad con qué amor infinito sufrió Cristo para salvarme. Ese amor fortalece mi debilidad y me da valor. Quien piensa en la Pasión de Cristo y ofrece sus dolores a Dios, encuentra dulce el sufrimiento». Cuando la transportaban de nuevo a la enfermería después de haber hecho los votos, Magdalena fue arrebatada en éxtasis durante más de una hora. En los siguientes cuarenta días, tuvo intensas consolaciones espirituales y fue objeto de gracias extraordinarias. Los especialistas en la vida espiritual hacen notar que Dios suele consolar a las almas escogidas después del primer momento en que se entregan completamente a Él, a fin de prepararlas para las pruebas que les esperan, y las somete a la cruz de las tribulaciones interiores para acabar con todo rastro de egoísmo, darles un perfecto conocimiento de sí mismas y convertirlas plenamente al amor. Esto se comprueba una vez más en el caso de Magdalena de Pazzi, a cuyos transportes de gozo espiritual siguió un período de amarga desolación. Dios colmó así el deseo de la santa de sufrir por Jesucristo.
Temiendo ofender a Dios con el deseo de compartir la vida de las profesas, Magdalena pidió a sus superioras que le permitiesen continuar en el noviciado otros dos años, después de haber hecho los votos. Al cabo de ese período, fue nombrada subdirectora del pensionado y, tres años más tarde, instructora de las religiosas jóvenes. Por aquella época sufría intensas pruebas interiores. Constantemente se veía asaltada por tentaciones de gula y de impureza, a pesar de que ayunaba a pan y agua toda la semana, excepto los domingos. Para vencer esas tentaciones, castigaba su cuerpo con crueles disciplinas e imploraba constantemente el auxilio del Salvador y de la Virgen Santísima. Vivía en un estado de oscuridad interior en el que sólo percibía sus propias debilidades y los defectos de las personas y objetos que la rodeaban. Al cabo de cinco años de desolación y sequedad espiritual, Dios le devolvió la paz y le hizo sentir intensamente su presencia. En 1590, durante el canto del Te Deum en maitines, Magdalena fue arrebatada en éxtasis; cuando se rehizo, dio un apretón de manos a la superiora y a la maestra de novicias, diciéndoles: «Alegraos conmigo, pues el invierno ha pasado. Ayudadme a dar gracias a Dios». Desde entonces, Dios manifestó su gracia en la santa religiosa.
Magdalena poseía el don de leer el pensamiento y prever el futuro. Así, por ejemplo, predijo a Alejandro de Médicis que un día sería Papa. En otra ocasión, le advirtió que su pontificado sería muy breve; en efecto, sólo duró veintiséis días. La santa se apareció, en vida, a muchas personas ausentes y curó a numerosos enfermos. Con el tiempo, los éxtasis se hicieron más y más frecuentes; en algunos casos, Magdalena podía continuar su tarea, pero en otros entraba en un estado de rigidez próximo a la catalepsia. Por las palabras que pronunciaba, los circunstantes comprendían que participaba de un modo especial en la Pasión de Cristo, o que conversaba con Dios y los espíritus celestiales. Tan edificantes eran esos coloquios, que sus hermanas solían apuntarlos y los reunieron en un libro, después de la muerte de la santa. Magdalena parecía gozar de una unión con Dios sin interrupción; acostumbraba exhortar a todas las criaturas a glorificar al Creador y ansiaba que todos los hombres le amasen como ella. Con frecuencia exclamaba: «El Amor no es amado. Las criaturas no conocen a su Creador. ¡Oh, Jesús! Si tuviese yo una voz suficientemente poderosa para hacerme oír en todo el mundo, gritaría para dar a conocer tu amor, para lograr que todos los hombres amasen y honrasen ese bien inmenso».
En 1604, santa Magdalena tuvo que guardar cama: sufría de violentos dolores de cabeza, había perdido el uso de los miembros y el más leve contacto constituía una verdadera tortura. A esto se añadía una aguda desolación espiritual. Pero, cuanto mayores eran los sufrimientos, mayor el deseo de la santa de participar en la Pasión de Cristo. «¡Señor -repetía-, quiero sufrir sin morir! ¡Déjame que viva para que sufra más!» Cuando sus oraciones no eran escuchadas, se regocijaba de que se hiciese la voluntad de Dios y no la suya. Cuando sintió acercarse su última hora, se despidió de sus hermanas con estas palabras: «Reverenda madre y queridas hermanas: pronto voy a dejaros. Lo último que os pido, en el nombre de Jesucristo, es que le améis a Él solo, que confiéis plenamente en Él y que os alentéis mutuamente a cada instante a sufrir por Él y amarle». La santa fue a recibir el premio celestial el 25 de mayo de 1607, a los cuarenta y un años de edad. Su cuerpo se conserva todavía incorrupto en el santuario contiguo al convento de Florencia en el que pasó su vida. Fue canonizada en 1669.
En Acta Sanctorum, mayo, vol. VI, hay una traducción latina de las dos primeras biografías de santa María Magdalena de Pazzi. La primera fue publicada en 1611 por Vicente Puccini, que fue su confesor en sus últimos años. La parte narrativa es relativamente corta; pero hay unas 700 páginas de extractos de los escritos y cartas de santa Magdalena. El P. Cepari, que había sido también confesor suyo, escribió una biografía; pero no la publicó para no ofender al P. Puccini. Dicha biografía vio la luz en 1669, con algunas adiciones, tomadas del proceso de canonización. Esas dos biografías, las cartas de la santa y los relatos, cinco volúmenes de notas tomadas por las religiosas durante los éxtasis de Magdalena, constituyen las principales fuentes. Maurice Vaussard editó, en 1945, una nueva selección de pensamientos de la santa, con el título de Extases et Lettres; al mismo autor se debe la biografía de la colección Les Saints. La biografía francesa escrita por la vizcondesa de Beausire-Seyssel (1913) es muy completa. Véase el estudio del P. E. E. Larkin sobre Los éxtasis de los cuarenta días de Santa María M. de Pazzi, en Carmelus, vol. I (1954), pp. 29-71.